Vanwege de ligging bij Australië zijn de Molukken als eilandengroep van groot strategisch belang voor de Japanners. Daarom zetten zij de aanval op de Molukken al in vanaf januari 1942. De Japanners zijn vooral uit op vliegvelden: bestaande en nieuw aan te leggen. De geallieerden vrezen Japanse aanvallen vanuit de Molukken op Australië en sturen daarom versterkingen naar Ambon, tevergeefs. Eind januari zijn belangrijke locaties als Ambon en Morotai al in Japanse handen, de rest van de Molukken volgt. De Japanners treden zeer wreed op, niet alleen tegen de lokale Molukse bevolking, maar ook tegen de krijgsgevangenen en dwangarbeiders die ze naar de Molukken deporteren om onder extreme omstandigheden vliegvelden en andere oorlogsprojecten aan te leggen. Pogingen tot verzet worden direct afgestraft. In 1944 laat de Amerikaanse generaal MacArthur zijn oog vallen op de Molukken als springplank naar de Filipijnen; hij zet de invasie van Morotai in op 15 september 1944. Het oorlogserfgoed dat op de Molukken te vinden is, varieert van achtergelaten oorlogstuig tot aan vliegvelden, voormalige schuilplaatsen, geallieerde begraafplaatsen, orale overlevering, musea en monumenten.