De Japanse verovering van Papua begint eind maart 1942. Omdat Papua voor de geallieerden tactisch erg belangrijk is vanwege de ligging vlakbij de Filipijnen starten zij nog datzelfde jaar de New Guinea Campaign; een van de zwaarst bevochten campagnes van de Tweede Wereldoorlog. Voor Papoea’s is het de eerste kennismaking met technologische oorlogsvoering. Na de herovering van Papua New Guinea begint op 22 april 1944 de geallieerde invasie van Papua met de Slag om Hollandia (Operation Reckless) en de Slag om Aitape (Operation Persecution). Nog vele campagnes volgen, waarbij het aantal slachtoffers in de tienduizenden loopt – het merendeel Japanners. Van eind april tot en met oktober 1944 is generaal MacArthurs hoofdkwartier van het South-West Pacific Area commando op Gunung Ifar op Papua gevestigd. Hollandia (nu Jayapura) wordt een belangrijke basis van het Amerikaanse leger en telt op een gegeven moment meer dan 100.000 bewoners. Het oorlogserfgoed dat op Papua te vinden is, varieert van achtergelaten oorlogstuig tot aan vliegvelden, voormalige schuilplaatsen, landingsplaatsen en monumenten.