In de Noord-Molukken speelt Morotai een cruciale rol tijdens de Tweede Wereldoorlog. De Japanners bezetten het eiland in januari 1942 en leggen er negen vliegbanen aan. Omdat generaal Douglas MacArthur Morotai aanwijst als springplank naar de Filipijnen, wordt in september 1944 de geallieerde herovering ingezet met meer dan veertigduizend troepen. Vanuit luchtmachtbasis Morotai voeren de Amerikanen vervolgens aanvallen uit op de Filipijnen. De Australiërs gebruiken Morotai om de rest van de Molukken te heroveren. Tijdens zijn verblijf op Morotai kiest MacArthur het nabijgelegen eiland Zum Zum als hoofdkwartier.