Zuidoost Papua is het enige gebied in het voormalige Nederlands-Indië dat gedurende de hele oorlog niet door de Japanners wordt bezet. In de hoofdplaats Merauke speelt het vliegveld een belangrijke rol voor de geallieerde luchtmacht die in het begin vooral uit Australische squadrons bestaat. Later komt daar ook een Nederlands squadron bij.
Merauke is een van de routes waarlangs in het begin van de oorlog uitgeweken Nederlandse ambtenaren en militairen Australië bereiken. Het is ook een plaats waar personeel voor de in Australië opgezette eenheden van het KNIL worden gerekruteerd.
